手性色譜柱是由具有光學活性的單體，固定在硅膠或其它聚合物上制成手性固定相（Chiral Stationary Phases）。通過引入手性環(huán)境使對映異構(gòu)體間呈現(xiàn)物理特征的差異，從而達到光學異構(gòu)體拆分的目的。要實現(xiàn)手性識別，手性化合物分子與手性固定相之間少存在三種相互作用。這種相互作用包括氫鍵、偶級-偶級作用、π-π作用、靜電作用、疏水作用或空間作用。

手性分離效果是多種相互作用共同作用的結(jié)果。這些相互作用通過影響包埋復合物的形成，特殊位點與分析物的鍵合等而改變手性分離結(jié)果。由于這種作用力較微弱，因此需要仔細調(diào)節(jié)、優(yōu)化流動相和溫度以達到佳分離效果。